Fundado en 1483 por Luis de Antezana e Isabel de Guzmán para pobres, enfermos y peregrinos, cuenta con más de 500 años de funcionamiento ininterrumpido, lo que le convierte en un caso extraordinario en Europa. Posee un magnífico patio castellano que nos traslada inmediatamente al siglo XV, y una valiosa talla de Nuestra Señora de la Misericordia, de Martínez Montañés. En este lugar trabajó como cocinero San Ignacio de Loyola, la cocina que él usó aún se conserva y la que fue su habitación se convirtió en una capilla en su memoria, a petición de la Compañía de Jesús, orden que ha tenido muchas veces al hospital de Antezana como el lugar del verdadero origen de su poderosa congregación. En él dice la tradición alcalaína que trabajó como cirujano-sangrador Rodrigo de Cervantes, padre de Miguel de Cervantes.
La iglesia, de claro gusto barroco, posee una bóveda de cañón y una cúpula encamonada que se sobrepusieron sobre un artesonado también mudéjar que conserva.