Tal vez sea, desde el punto de vista el artístico, el más importante de los conventos de clausura de Alcalá. Fundado por el cardenal Bernardo de Sandoval y Rojas, arzobispo de Toledo para 24 monjas cistercienses, que debían pertenecer a su familia. El edificio es obra de Juan Gómez de Mora, tomando como modelo el templo romano de Santa Anna dei Palafrenieri obra de Vignola. Más que un solo edificio, un juego barroco en el que se superponen elementos arquitectónicos y artísticos. Quizá sea esta la mejor manera de definir al conjunto monástico de las Bernardas de Alcalá. Construido a partir de 1618 sobre terrenos de la antigua almanjara o barrio musulmán alcalaíno, fue concebido por su arquitecto, el maestro real Juan Gómez de Mora, como una perfecta síntesis del ideal barroco que envolvía la sociedad española de la época. La fachada principal destaca por su sencillez y por la poca relación que tiene con el interior del templo. Está dividida en tres cuerpos separados por impostas de piedra. En el interior sorprende al espectador la planta ovalada en contraste con la austera fachada telón. La grandiosa cúpula elíptica que la cubre en única en su género. Un anillo separa la cúpula del tambor de la iglesia, rodeado en su piso superior por un corredor que se abre al interior del templo por un juego de balcones de hierro. Mención aparte merece la colección de pintura. Todos los cuadros son obra del italiano Angelo Nardi, pintor de cámara de Felipe III y Felipe IV.
El conjunto de la Iglesia nos conduce a una concepción teatral y simbólica de la arquitectura como arte que al englobar pintura y escultura, e incluso música, puede influir decisivamente en la sensibilidad del espectador.
Al estar la iglesia orientada hacia el norte, a las 12, hora de misa, se filtra el sol a través de los óculos e incide en el dorado baldaquino creando un efecto barroco de gran espectacularidad.